国立成育医疗研究中心

整形外科

每年实施全麻手术约250件，其中先天异常疾病占8成。治疗疾病包括皮肤良性肿瘤、先天性面部神经麻痹、面部创伤、骨折、烧伤和疤痕挛缩以及顽固性溃疡等。

耳鼻喉科

从新生儿到青少年，该科几乎可以进行所有儿童期的耳鼻喉手术。2014年，该科实施了683件手术。

眼科

作为小儿眼科领域的“高度先进医疗中心”（日语：高度先進医療センター），每年接收大量通过其他医院介绍来此的患儿，专业的医师和矫正师利用自身丰富的经验和技术来进行诊疗。该科还拥有先进的诊疗设备，包括专门为特殊病症和疑难病例进行检查和治疗的器械设备。

皮肤科

治疗疾病主要包括：特应性皮炎等湿疹・皮炎，斑（血管瘤、太田痣、异位蒙古斑等）、手或足的痣、毛发疾病（圆形脱发症、先天性缺发症等）、牛皮癣（关节炎性牛皮癣，脓疱性牛皮癣等）、寻常性白癜风、疣和水疣等病毒感染、细菌感染、角质病・鱼鳞病、痣以及其他遗传性和先天性疾病等。

消化科

日本为数不多的专门研究小儿胃肠道疾病的科室。治疗疾病包括：炎性肠病（包括小儿发作性炎性肠病）：克罗恩病，溃疡性结肠炎，肠道白塞氏病；顽固性腹泻；胃食管反流疾病/反流性食管炎/消化不良；胃十二指肠溃疡/幽门螺杆菌感染；胃肠道过敏；胃肠息肉/息肉病；难治性严重便秘等。

呼吸科

日本较少几个专门研究儿童呼吸器官疾病的科室之一。该科可以接收各种儿童呼吸系统疾病的诊指，包括罕见性呼吸系统疾病。

肾脏・风湿病科

日本屈指可数的小儿风湿病专门诊疗科，可针对小儿肾脏疾病、小儿肾脏替代疗法（腹膜透析、血液透析、肾脏移植）和小儿风湿病等进行诊疗。

小儿外科

该科治疗经验丰富，可接收外国复杂病例。很多员工都积累了丰富的临床经验，在欧美的小儿外科临床和研究机构从事研究。

心血管外科

每年实施约200例以上的手术治疗，可治疗新生儿至青少年的各种先天性及后天性心脏疾病。

脑神经外科

该科可以为各种脑神经疾病提供适当的外科治疗，例如脊髓肿瘤、脊柱裂、脊柱积水、脑缝线早期融合、烟雾病，Chiari畸形以及癫痫等。